Henrike Müller wurde im November 1975 in Dessau (Sachsen-Anhalt) geboren. Sie lebt seit 1989 in Bremen, machte hier ihr Abitur und absolvierte ihr Studium der Politikwissenschaft sowie ihre Promotion an der Universität Bremen. Bis 2014 arbeitete sie am Jean-Monnet-Centre for European Studies der Uni Bremen als wissenschaftliche Mitarbeiterin und Lehrbeauftragte, mit den Forschungsschwerpunkten Europa- und Genderforschung.
Seit 2015 war Henrike Müller Abgeordnete für Bündnis 90/Die Grünen in der Bremischen Bürgerschaft. Am 12. November 2025 wählte die Bremische Bürgerschaft Henrike Müller zur Senatorin für Umwelt, Klima und Wissenschaft.
Henrike Müller lebt in der Bremer Neustadt.